features

[clothilde-ferreira]

bonjour,
j'ai une petite question, nous avons une nouvelles liste de features pour le clustering, est il possible les feature dans le changer dans le code?
je peux le faire toute seul?

merci a vous !

[hugofluhr]

Salut Clothilde, oui il est possible de changer les features.
est-ce que ce sont des features obtenus directement dans les fichiers .xls des neurones ou des features qu'il faut calculer?

[clothilde-ferreira]

hello! oui c'est tout sur les excels après il faut séparer apical et basal et total mais j'imagine que ca vient des excels également
je te mets la liste dans deux minute ! car les version de imaris change. pour avoir l'information des class je dois retourner sur une ancienne version et le nom des features ont évidement plus le meme nom.......

[clothilde-ferreira]

voici la liste

• Filament BoundingBoxOO Length A

• Filament BoundingBoxOO Length B

• Filament BoundingBoxOO Length C
• Filament Full Branch Depth

• Filament Length (sum)

• Filament Full Branch Level
• 
Filament No. Dendrite Branch Points

• Filament No. Dendritet Branch Points Apical
• 
Filament No. Dendrite Branch Points Basal
• Filament No. Dendrite Branches

• Total Number of Filaments

• Total Number of Filaments Apical
  
- Total Number of Filaments Basal
• Dendrite Branch Depth
-Dendrite Straightness
• Dendrite Straightness Apical
• Dendrite Straightness Basal 

• Dendrite Branching Angle B

• Dendrite Branching Angle B Apical

• Dendrite Branching Angle B Basal

• Dendrite Branching Angle

• Dendrite Branching Angle Apical

• Dendrite Branching Angle Basal

• Pt Branching Angle Type=Dendrite Branch


[hugofluhr]

@clothilde-ferreira est-ce que tu peux me dire la différence entre "Filament No. Dendrite Branch Points" et "Filament No. Dendrite Branches" ?
je trouve seulement "Filament No. Dendrite Branches" dans les data

[hugofluhr]

@clothilde-ferreira est-ce que les features :
"total number of filaments (+apical/basal)" ne devrait pas plutôt être "total number of dendrites (+apical/basal)?

[clothilde-ferreira]

si tu trouves que Filament No. Dendrite Branches alors on met que lui (cest la meme chose peut etre une erreur suivant les versions de imaris)

total number of dendrites (+apical/basal) c'est la meme chose suivant les version cest dendrite ou filament je me suis peut etre tromper désolé

[hugofluhr]

j'ai un peu de mal à comprendre les features suivant :

Filament No. Dendritet Branch Points Apical
Filament No. Dendrite Branch Points Basal
Filament No. Dendrite Branchessi

je prends l'exemple de "220726c1.xls"il y a 31 dendrites apical et 19 dendrites basal, donc 50 dendrites en tout.dans la sheet "Filament No Dendrite Branch Pts il y a une seule valeure (22.0) et dans la sheet "Filament No Dendrite Branches" il y a 364 valeurs mais je ne sais pas à quelle dendrite elles correspondent du coup je ne vois pas comment en sortir des features?est-ce que tu as une idée?

[clothilde-ferreira]

Alors dans mon PPT je lai representer comme ca

Donc le nombre de point de branchement donc tu peux avoir un seul point avec 3 filament qui partent.

Pour le second j’imagine que cest le nombre de dendrite par branche donc surment le nombre de de ramification ?
J’ai un doute . Ca fait sens ce que je dis?

[hugofluhr]

je crois que je vois ce que tu veux dire mais du coup je ne sais pas comment créer des features à partir de ça, pour "Filament No Dendrite Branch Pts" je prends la valeure 22.0 mais pour "Filament No. Dendrite Branches" je ne sais pas quelles valeurs correspondent à quelles dendrites.

[clothilde-ferreira]

peut etre juste
en apical il en a a ten et en basal ten ? tu as cette info la ? ca voudra dire qu'il y a plus ou moins de ramification suivant les neurones ?

[acionca]

Petit détail pour bien comprendre les features:

• Filament BoundingBoxOO Length A, Filament BoundingBoxOO Length B, Filament BoundingBoxOO Length C
• • Sont résumés en une feuille excel "BoundingBoxOO Length" avec les colonnes A,B et C
• Filament Full Branch Depth
• • Est une valeur seule, peut être remplacée par le max des valeurs de la feuille "Dendrite Branch Depth" et ainsi séparer entre Basal et Apical
• Filament Full Branch Level
• • Idem pour la feuille "Dendrites Branch Level"
• Filament Length (sum)
• • Idem avec la somme de la feuille "Dendrites Length"
• Dendrite Branch Depth, Dendrite Straightness, Dendrite Branching Angle, Dendrite Branching Angle B
• • Idem avec les feuilles respectives

Maintenant j'ai tros questions concernants les features suivantes:

• Filament No. Dendrite Branch Points
• Filament No. Dendrite Branches
• Total Number of Filaments
• Pt Branching Angle Type=Dendrite Branch

1. Quelle est la différence entre dendrite et filament? Si je comprends bien, une dendrite est composée de plusieurs filaments (segments) et les features liées aux filaments sont donc plus généraux, c'est correct ?

2. J'ai l'impression que "Filament No. Dendrite Branches" ne donne pas vraiment d'informations sur les filaments (ou du moins pas facilement utilisable et représentatif de la structure des cellules). Est-ce que ça serait une idée de focus sur les features comme le nombre de points, de points terminaux, et de segments ?

3. Qu'est-ce que le type d'un angle d'embranchement peut représenter au delà de l'angle en degrés ? Est-ce quelque chose de commun ?

[hugofluhr]

j'ai ouvert la PR #27 qui ajoutent la plupart des features que tu demandes à part certain que je n'arrive pas encore à comprendre.

[clothilde-ferreira]

Question 1
Correct c’est ça n
Question 2 pour moi c’est le nombre de point de branchement donc point de ramification (c’était ta question?)

question 3
Pour moi c’est les secret . Digérant type je n’ai pas ma présentation avec moi mais j’ai un schéma pour chaque type d’angle ça peut aider ?

[hugofluhr]

j'ai ajouté l'issue #28 pour suivre la progression de l'implémentation des nouveaux features.

[acionca]

Question 2 pour moi c’est le nombre de point de branchement donc point de ramification (c’était ta question?)

Le nombre de point de branchement serait plutot Filament No. Dendrite Branch Points et non Filament No. Dendrite Branch non ? Comme je disais, en regardant la feuille excel de cette feature, j'ai l'impression qu'elle n'apporte rien.

question 3 Pour moi c’est les secret . Digérant type je n’ai pas ma présentation avec moi mais j’ai un schéma pour chaque type d’angle ça peut aider ?

Oui, s'il y a effectivement des types d'angles différents. Je t'avoue que c'est un peu abstrait pour moi :)