From 7931c7f658712e15d522531616c3e001849e338b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mirpedrol Date: Tue, 20 Aug 2024 12:43:06 +0200 Subject: [PATCH 1/4] add option to exclude license from pipeline template --- nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml | 15 +++++++++++++++ 1 file changed, 15 insertions(+) diff --git a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml index b97bf347a..dc3f07271 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml +++ b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml @@ -242,3 +242,18 @@ changelog: - "CHANGELOG.md" nfcore_pipelines: False custom_pipelines: True +license: + skippable_paths: + - "LICENSE" + short_description: "Add a license" + description: "Add the MIT license file." + help_text: | + To protect the copyright of the pipeline, you can add a LICENSE file. + This option ads the MIT License. You can read the conditions here: https://opensource.org/license/MIT + linting: + files_exist: + - "LICENSE" + files_unchanged: + - "LICENSE" + nfcore_pipelines: False + custom_pipelines: True From 6ff0929c0956b148839c231133b440f5f0cd876a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: nf-core-bot Date: Tue, 20 Aug 2024 10:46:47 +0000 Subject: [PATCH 2/4] [automated] Update CHANGELOG.md --- CHANGELOG.md | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 0a450a672..b530f597b 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -17,6 +17,7 @@ - add option to exclude changelog from custom pipeline template ([#3104](https://github.com/nf-core/tools/pull/3104)) - handle template features with a yaml file ([#3108](https://github.com/nf-core/tools/pull/3108)) - add templatefeatures.yml to python package ([#3112](https://github.com/nf-core/tools/pull/3112)) +- add option to exclude license from pipeline template ([#3125](https://github.com/nf-core/tools/pull/3125)) ### Linting From 78d469fd893a6e1c45aa59330378f213a994fdbf Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?J=C3=BAlia=20Mir=20Pedrol?= Date: Tue, 20 Aug 2024 12:56:04 +0200 Subject: [PATCH 3/4] Update nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Co-authored-by: Matthias Hörtenhuber --- nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml index dc3f07271..a8a6ce565 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml +++ b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml @@ -245,7 +245,7 @@ changelog: license: skippable_paths: - "LICENSE" - short_description: "Add a license" + short_description: "Add a license File" description: "Add the MIT license file." help_text: | To protect the copyright of the pipeline, you can add a LICENSE file. From 34565c1e12ce20cda823e4e92eed6c084501821f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mirpedrol Date: Tue, 20 Aug 2024 13:00:04 +0200 Subject: [PATCH 4/4] update textual snapshots --- .../__snapshots__/test_create_app.ambr | 512 +++++++++--------- 1 file changed, 256 insertions(+), 256 deletions(-) diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr index f4eb25508..66c08faba 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr @@ -851,257 +851,257 @@ font-weight: 700; } - .terminal-3220763577-matrix { + .terminal-2278814444-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-3220763577-title { + .terminal-2278814444-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-3220763577-r1 { fill: #c5c8c6 } - .terminal-3220763577-r2 { fill: #e3e3e3 } - .terminal-3220763577-r3 { fill: #989898 } - 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When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will - automatically download the required reference files. - ▅▅ - For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  - - - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -         Add Github badgesThe README.md file of  Show help  - ▁▁▁▁▁▁▁▁the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - include GitHub badges - - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -         Add configuration The pipeline will  Show help  - ▁▁▁▁▁▁▁▁        filesinclude configuration ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - profiles containing  - custom parameters  - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -  Back  Continue  - ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - -  d Toggle dark mode  q Quit  + + + + nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + + + Template features + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +         Add Github CI testsThe pipeline will  Show help  + ▁▁▁▁▁▁▁▁include several GitHub▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + actions for Continuous + Integration (CI)  + testing + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +         Use reference genomesThe pipeline will be  Hide help  + ▁▁▁▁▁▁▁▁configured to use a ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + copy of the most  + common reference  + genome files from  + iGenomes + + + Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common reference  + genome files. + + By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  + specifying the paths to these files. + + The required code to use these files will also be included in the template.  + When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will + automatically download the required reference files. + ▅▅ + For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  + + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +         Add Github badgesThe README.md file of  Show help  + ▁▁▁▁▁▁▁▁the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + include GitHub badges + + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +         Add configuration The pipeline will  Show help  + ▁▁▁▁▁▁▁▁        filesinclude configuration ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + profiles containing  + custom parameters  + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +  Back  Continue  + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + +  d Toggle dark mode  q Quit  @@ -2233,255 +2233,255 @@ font-weight: 700; } - 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